twin, потому что bootstrap не сервисная сущность, а фабричная. Сервисная сущность container это адаптер для твоего контейнера, адаптер который умеет через свой метод get отдавать сущности как фабричные(запрашивать у твоего контейнера getNew), ведь твой контейнер отдает (через метод get) сущности только как сервисные.

_____________
Люди, имеющие низкий уровень квалификации, делают ошибочные выводы, принимают неудачные решения и при этом неспособны осознавать свои ошибки в силу низкого уровня своей квалификации

А, ты про тесты говоришь)) Я грешным делом подумал, что в системе нужно так запускать. Понятно.

Глянул поверхностно, мнда... Логика конечно та еще. Прежде чем переделывать инициализацию, нужно в ней разобраться немного.

Начал я с конфигурации и ничего не понимаю. Вот у тебя какая то конфига:

class Config extends Factory
{

    public function get($id, $options = [])
    {
        $map = [
            'local' => \ExampleCMS\Config\Local::class,
            'database' => \ExampleCMS\Config\Database::class,
        ];

        return $this->container->get($map[$id]);
    }
}

Ну то, что ты тут замутил сервис-локатор, это полбеды. Почему тут захардкожены имена классов? Эти же классы прописаны в карте. А где же инверсия? Тут какая то рекурсия получается. Главная конфига, зарегистрированная в контейнере, запрашивает фабричную конфигу, что бы та выдала имена классов, что бы по этим именам получить из контейнера(!) объекты этих классов по имени, по которому эти же классы зарегистрированы в контейнере.

Я чуть голову не сломал. И что получается теперь. Что бы заменить класс базы данных нужно заменить его имя в контейнере, а потом искать класс конфиги и менять там? В прогоне то бишь. Так где инверсия то?

Если твой контейнер писался под такую логику, чего удивляться тогда, что с моим реализовать ее сложнее. Там конечно можно упростить то, что ты сделал в этом месте, но это же изврат изначально...

    'config' => function () {
				$config = new \ExampleCMS\Config();
				$configFactory = new \ExampleCMS\Factory\Config;
				$configFactory->container = $this;
				$config->configFactory = $configFactory;
				return $config->get();
			},

_____________
Если вам недостаточно собственных заблуждений, можно расширить их мнениями экспертов.

Нужно уважать мнение оппонета. Ведь заблуждаться - его святое право.

Настаивал, настаиваю и буду настаивать на своем. На кедровых орешках.