вы действительно уверены что это(разная работа с исключениями) нужно?

по моему не стоит делать различий, это усложнение. Вы сделали вместо одного загрузчика, несколько. Хотя можно было обойтись одним.

причем тут MVC? я вам говорил про MVC? Нет. Я говорил про расширяемость и гибкость, максимум про ООП.

Без примеров не обойтись, что бы вас убедить.

<?php
// Ваш подход
final class Core
{

    static public function init()
    {
        //initConfig
        //initEnv
    }

}

Core::init();

// Предлагаемый мной

class CoreDefault
{

    protected $config;
    protected $env;

    public function __construct()
    {
        $this->config = $this->initConfig();
        $this->env = $this->initEnv();
        throw $this->getException();
    }

    protected function initConfig()
    {
        return new CoreConfig;
    }

    protected function initEnv()
    {
        return new CoreEnv;
    }

    protected function getException()
    {
        return new Exception($message, $code, $previous);
    }

}

$core = new CoreDefault;


// Изменяем поведение экспепшенов
class CustomCore extends CoreDefault
{

    protected function getException()
    {
        return new CustomCoreException;
    }
    
}

$core = new CustomCore;

Очевидно, что второй вариант гибче и при том не сложнее первого, а может даже и легче из-за того, что объект разделен на объекты, каждый из которых решает свою маленькую задачу.

_____________
Люди, имеющие низкий уровень квалификации, делают ошибочные выводы, принимают неудачные решения и при этом неспособны осознавать свои ошибки в силу низкого уровня своей квалификации