Ну и что, что он не бутстраповский? С чего вдруг конфликтовать то будут?
Я вообще не понимаю как могут конфликтовать между собой два css класса... Ты можешь пример привести? Переопределять свойства элемента могут и это нормальная практика. И даже переопределять бутстраповские классы тоже норма.
Бутстрап это лишь попытка (вполне удачная) создать набор неких стандартов, а какие и как использовать это уже выбор каждого.
_____________
Безвозмездно помогаю только тем, кто сам пытается что-то сделать. Остальным за WMR
Даже если там 10 строк кода!
Даже если мне это ничего не стоит!
Даже если вы нуб!