Все работает! Но вот только сейчас заметил что данные парсятся не верно.. логин мыла - верно, а вот домен вместо например bl.ru берет bl, вместо ,mail.ru берет mail

Я думал тебе нужно без .ru и т.д ....
убери это

$temp_pref_pas = explode('.', $temp_mail[1]);

и это пропиши .

    $add[] = "(
		'".mysql_real_escape_string($temp_mail[0])."',
		'".mysql_real_escape_string($temp_mail[1])."', 
		'".mysql_real_escape_string($temp_line[1])."'
	)";

Edit: Исправил ошибку

Всем спасибо за помощь! Особенно Kusss

Итоговый скрипт, вдруг кому пригодится

<?php
$start_time = microtime(true);
$start_memory_usage = memory_get_usage();

header("Content-Type: text/html; charset=utf-8");

//подключаем настройки
include 'config.php';

// Выводим все ошибки кроме нотисов
Error_Reporting(E_ALL & ~E_NOTICE);

echo 'Использовано соединение с ' .$db_host.'<br>';
echo 'База данных с именем ' .$db_name.'<br>';
echo  'Пароль базы данных ' .$db_pass.'<br>';
echo 'Работаем с таблицей ' .$db_table.'<br>';

// соединяемся с БД
$db = mysql_connect($db_host, $db_name, $db_pass) or die('Не удалось соединиться: ' . mysql_error());
echo 'Соединение успешно установлено<br>';

// выбираем таблицу с которой будем работать
mysql_select_db($db_table) or die('Не удалось выбрать базу данных');


// Тут подключени к БД 

$lines = file('mail.html');
$add = array();
$i = 0;
foreach ($lines AS $line){
	$i++;
	$temp_line = explode(' ', trim($line));
	$temp_mail = explode('@', $temp_line[0]);
	//$temp_pref_pas = explode('.', $temp_mail[1]);
    // Собираем 
     $add[] = "(
		'".mysql_real_escape_string($temp_mail[0])."',
		'".mysql_real_escape_string($temp_mail[1])."', 
		'".mysql_real_escape_string($temp_line[1])."'
	)";
	
	if ($i == 4000) {
		$ii++;
		$sql = "INSERT INTO mail (name,pref,pas) VALUE ".implode(',',$add);
		// Записываем
		mysql_query ($sql) or die( mysql_error() );
		// Сообщаем
		echo '<br>'.$ii.' Запись';
		
		// Обнуляем
		$add = array();
		$i = 0;
	}
}
// Если что осталось
if (count($add) > 0){
		$sql = "INSERT INTO mail (name,pref,pas) VALUE ".implode(',',$add);
		mysql_query ($sql) or die( mysql_error() );
		// Сообщаем
		echo '<br> '.count($add).' Остаток';
}

$exec_time = microtime(true) - $start_time;
echo '<br>Выполнен за '.round($exec_time,2).' мс  ';

$end_memory_usage = memory_get_usage();
$total_memory_usage = $end_memory_usage - $start_memory_usage;
echo 'Расход памяти: ' . number_format($total_memory_usage, 0, '.', ',') . ' байт';

?>