если немного поизучать запрос, то станет понятно :
- я добавил размеры от себя, думал тебе пригодится
- GROUP_CONCAT собирает данные по столбцу при сортировке, и перечисляет их через разделитель (по умолчанию это запятая)
Вот тут отличное описание http://code.mu/sql/group_concat.html
- чтобы преобразовать полученную строку в массив используй explode , и дальше можешь делать с ним что хочешь.
- чтобы НЕ выводить наименование размеров где склад = 0 , нужно добавить условие в подзапрос "WHERE sklad_qty > 0"
- Если НЕ нужно выводить товары, у которых в общей сложности sklad = 0, добавь условие в основной запрос "WHERE v.sklad > 0"

В итоге запрос будет таким

SELECT 
	i.id, i.title,
	v.sklad, v.size
FROM 
	items AS i
LEFT JOIN
		(SELECT 
			SUM(`sklad_qty`) AS sklad , GROUP_CONCAT(`title`) AS size, item
		FROM 
			`variants` 
		WHERE
			sklad_qty > 0
		GROUP BY 
			item
		) AS v ON v.item = i.id
WHERE
	v.sklad > 0

Edit: Что-то я не вникаю сразу, что ты спрашиваешь :(

Kusss
большое спасибо! Вот сейчас вроде как всё работает как надо.