Нормальный код может выглядеть, например, так https://github.com/zendframework/zendframework

Окей, вот. Прямо скажем, не Божий код :)

Это "скрипт" обработки формы, через которую передаются ID входящих сообщений пользователя для совершения над ними определенных действий.

Тут отсутствуют всяческие проверки вроде htmlspecialchars и так далее. буду их делать в последнюю очередь, и если подскажете, какие вообще проверки нужно делать в скриптах обработки форм, будет очень круто.

Так вот...

<?php
require_once '/includes/session.php';
require_once '/includes/db_connection.php';
require_once '/includes/functions.php';
require_once '/includes/image_functions.php';
require_once '/includes/header.php';


$get_variable = $_GET["user_id"];
$variable_name = '$_GET["user_id"]';
check_get($get_variable, $variable_name);
 
 $user_id = $_GET["user_id"];
 
$get_variable = $_GET["page"];
$variable_name = '$_GET["page"]';
check_get($get_variable, $variable_name);
 
 $page = $_GET["page"];
 
 check_form_submission($_POST["submit"]);

 
if (isset($_POST["message_id_array"])){
	
	$message_id_array = implode (', ' , $_POST["message_id_array"] );
	
	$num = 0;
	$date = date("Y-m-d H:i:s");
		
		//если нажато "Удалить"
	if ($_POST["submit"] == 'Удалить'){
		$query = 'UPDATE messages SET reader_trash = 1, reader_trash_date = "'.$date.'" WHERE reader_id = '.$user_id.' AND reader_trash = 0 AND reader_archive = 0 AND reader_deleted = 0 AND id IN ('.$message_id_array.')';
		mysqli_query($link, $query) or die(mysqli_error($link));
		$num += mysqli_affected_rows ($link);
		header('Location:inbox.php?user_id='.$user_id.'&page='.$page.'&deleted='.$num);
		exit();
		}
		
		//если нажато "В архив"
		if ($_POST["submit"] == 'В архив'){
		    
			$query = 'UPDATE messages SET reader_archive = 1 WHERE reader_id = '.$user_id.' AND reader_trash = 0 AND reader_archive = 0 AND reader_deleted = 0 AND id IN ('.$message_id_array.')';
		    mysqli_query($link, $query) or die(mysqli_error($link));
			$num += mysqli_affected_rows ($link);
			header('Location:inbox.php?user_id='.$user_id.'&page='.$page.'&archived='.$num);
			exit();
		}
	
	}
	else {
	    header('Location:inbox.php?user_id='.$user_id.'&page='.$page);
	    exit();
    }