public function run($app_config = [], $site_config = [])
    {
        $abc_config   = include_once __DIR__ .'/resourses/config.php';
        $this->config = array_merge($abc_config, $app_config, $site_config);
        include_once  __DIR__ .'/core/AbcAutoloader.php'; 
    }

1. Не делайте include внутри метода, а просто передовайте сам путь. (или сам конфиг)

2. Как у Вас - когда вы запускаете приложение - вы передаёте настройки системы, система загружает autoloader. - Здесь всё месте, а надо - загрузчик отдельно, - конфиг отдельно.

На самом деле я бы вынес в отдельный класс Config, где зарегестрировал бы все три конфига.
И Autoloader должен быть не зависимым.

 public function run($app_config = [], $site_config = [])

 include_once  __DIR__ .'/core/AbcAutoloader.php'; 

Abc::current()->error('аяяй!');