Неверный вывод.

Отсутствие переменной (неинициализированная переменная) совсем не одно и то же, что $pupilIds = NULL. В последнем случае она как раз есть, под неё выделена память, она обозначена названием (адрес ячейки). И код в таком случае сработает корректно, если нет строгой типизации, что в PHP применяется крайне редко. Кстати говоря, из-за этого.

Так что инициализацию в аргументе функции лучше делать так, тогда не будет никакого фатала, а будет обычный нотис на неинициализированную переменную:

function foo($var = array()){var_dump($var);}

$pupils   = [];
// Это и есть инициализация. 
// Если закомментить эту строчку, будет нотис, не более того.
$pupilIds = null;

foreach ($pupils as $pId => $pArr) {
    $pupilIds[] = $pupils[$pId]['ID'];
}

foo($pupilIds);

Инициализация переменных, это действительно хороший тон, помогает избежать нотисов и неоднозначностей. Но не так уж все страшно, как расписал stump.

Потому никто раньше и не писал этого.