В точке входа (index.php) один бы раз автолоадер приинклюдить и запустить приложение. Система сама бы подгружала только те файлы, которые нужны для обработки конкретного запроса. Но вот с процедурным кодом не получится. А так в целом, всё смотрится очень уж по древнему.
Если бы я делал для новичков, я бы делал что-то похожее на
это видео. Но всё равно бы так не смог. У автора талант, начиная со смеси html + php + sql, которая знакома любому новичку, маленькими шажками постепенно все подводит к mvc и в конечном счете фреймворку. Вызывает восхищение.