Понял, пардон.
Необходимо отсортировать многомерный масив от меньшего значения к большему притом что бы он сохранил свою структуру, не используя стандартные встроеные в php функции сортировки.
Разбивать его на одномерный сортировать и потом обратно в тот же многомерный масив засовывать нельзя.
Заданый масив.
$arr = array(
array(1,6,3,4,9,),
array(5,2,3,7,5,),
array(1,2,3,1,),
array(1,3,3,),
array(2,1,2,4,3,));
Отсортированый масив.
$arr = array(
array(1,1,1,1,1,),
array(2,2,2,2,3,),
array(3,3,3,3,),
array(3,4,4,),
array(5,5,6,7,9,));
Если где непонятно написал, прошу простить ;)