McLotos
Выдели вызов файла в отдельную функцию что бы изолировать тот scope, или в замыкание:

$modules=array('m1','m2','m3');

for ($i=0;$i<=count($modules); $i++)
{
	$_MOD_INC = DIR_MODULES . $modules[$i] . DIRECTORY_SEPARATOR . $modules[$i] . '.before' . INC_EXTENSION;
	if(is_file($_MOD_INC))
	{
		require_module($_MOD_INC);
	}
}

// ...

function require_module ($path) {
	require $path;
};

Или в замыкание:

$modules=array('m1','m2','m3');

for ($i=0;$i<=count($modules); $i++)
{
	$_MOD_INC = DIR_MODULES . $modules[$i] . DIRECTORY_SEPARATOR . $modules[$i] . '.before' . INC_EXTENSION;
	if(is_file($_MOD_INC))
	{
		(function () use ($_MOD_INC) {
			require $_MOD_INC;
		})();
	}
}

_____________
Мой блог