$categories_count += sizeof($arrayOfProductsByWday[$served_wday]); 

1,2,3,3,3 

$categories_count = sizeof($arrayOfProductsByWday[$served_wday]); 

1 1 1 0 0

Ну тут 2 варианта.
1) проверить на наличии этих данных , и если нету - пропускать/не выводить.
2) Выводить изначально что есть

Kusss
Не поможет похоже мне такой вариант даже

for($d = 0; $d < $served_count; $d++){ // day 
     for ($i = 0; $i < count($arrayOfCategories); $i++) { // category
              for ($j = 0; $j < count($arrayOfProducts); $j++) {  // products

как ты тут обращаешься к своему массиву $returnArray ?

for($d = 0; $d < $served_count; $d++){ // day 

     for ($i = 0; $i < count($arrayOfCategories); $i++) { // category
$arrayOfProducts = $this->_getAllProductsById($arrayOfCategories[$i]['ID'], $menu_id); // этот для цикла продуктов
$arrayOfProductsByWday = $this->_getAllProductsByWday($arrayOfCategories[($i + 1)]['ID'], $menu_id, $served_wday); // тут получаю массив
array (
  1 => // day
  array (
    8 =>  //cat
    array (
      'ID' => '49',
      'LABEL' => 'Отбивная"',
      'AVATAR_SMALL' => '',
      'CAT_ID' => '8',
      'WDAY' => '1',
      'PRODUCT_ID' => '49',
    ),
  ),
);
              for ($j = 0; $j < count($arrayOfProducts); $j++) {  // products

тут пытаюсь добавлять значения 

$tmpl->set_var(array(
                                     
 'product_id' => $arrayOfProducts[$j]['ID'],
'checked' => in_array($arrayOfProductsByWday[$served_wday][$arrayOfCategories[($i + 1)]['ID']]['ID'], $menu[$served_wday]) ? 'checked' : '',
 'product_count_value' => $product_count[$served_wday][$arrayOfProductsByWday[$served_wday][$j]['ID']] > 0 ? $product_count[$served_wday][$arrayOfProductsByWday[$served_wday][$j]['ID']] : 0,
 'breakfast_check' => is_null($food_is_served) === FALSE && $food_is_served[$served_wday][$arrayOfProductsByWday[$served_wday][$j]['ID']]['BREAKFAST'] == 1 ? 'checked' : '',

                                    ));

только не совпадение идёт, кручу, верчу не могу понять в чём косяк