Так получаеться инклюдиться файл 404.php в индексный файл.
<html>
<head>
Заголовки разве не тут? (Уже пришло 200 ОК)
</head>
<body>
$file = array('view', 'registration', 'main', 'add');
if (in_array($id, $file) && file_exists("view/$id.php"))
include "view/$id.php";
else
// А тут пытаемся 200 ОК уже поменять на 404.
header("HTTP/1.1 404 Not Found");
</body>
</html>