N0ob
В index.php самой первой строчкой напиши exit; и посмотри, откроется ли "http://site.ru/messages/". Если да, то шагами можно найти проблемное место. А в целом, было бы классно, если кто-то из экспертов рассказал, как нужный редирект найти средствами xDebug А пока этого нет, то ручками...

_____________
Обучаю веб-программированию качественно и не дорого: http://school-php.com
Фрилансер, принимаю заказы: PHP, JS, AS (видео-чаты). Писать в ЛС (Личные сообщения на phpforum).

inpost ничего не вывело, и редиректа нет. Это значит, что этот редирект всетаки связан с файлами?

N0ob
Напиши exit через строк 20, и так шаг за шагом пиши exit, пока не наткнёшься на редирект. Узнаешь его место и строчку, и с ним работать будешь.

_____________
Обучаю веб-программированию качественно и не дорого: http://school-php.com
Фрилансер, принимаю заказы: PHP, JS, AS (видео-чаты). Писать в ЛС (Личные сообщения на phpforum).

inpost окей, спасибо)

inpost я нашел проблему. И она была совсем не в ПХП) У меня стоит html5 history. После того, как я изменил файл .htaccess, то в историю попадало название модуля не messages а messages/ и вот этот слэш и делал такую бяку. Проблема решена. Спасибо