Ну для начала запусти курлом скрипт. Это будет работа 100%. А если не брать это во внимание, то при запуске кроном часть глобальных переменных будет недоступна, возможно, одна из которых используется в подключаемых скриптах.

Лучший способ - посмотри логи, там будут ошибки ПХП, собственно, это и даст понять. что и где недоступно.

_____________
Обучаю веб-программированию качественно и не дорого: http://school-php.com
Фрилансер, принимаю заказы: PHP, JS, AS (видео-чаты). Писать в ЛС (Личные сообщения на phpforum).

в логах нашел ошибку

PHP Parse error: syntax error, unexpected T_STRING in /home/u338795/xxx.ru/www/db_clean4.php on line 3

скрипт db_clean4.php

<?php
// $Id: db_cron.php, marat.farkhulin(@)gmail.com $
require_once(dirname(__FILE__).'/includes/bootstrap.inc');
require_once(dirname(__FILE__).'/includes/database.inc');
require_once(dirname(__FILE__).'/includes/database.mysql.inc');

drupal_bootstrap('DRUPAL_BOOTSTRAP_DATABASE'); // Подключаем библиотеки Drupal для работы с базой данных
global $db_url;
db_set_active($db_url); 

/* Код */

$today = date("d.m.Y"); // Берем текущую дату и время 
$period = 1; // Указываем период (количество дней) после которого будут удалены записи
$time = mktime(date("G"), date("i"), date("s"), date("m")  , date("d")-$period, date("Y")); // Получаем дату от которой будем очищать данные в выбранных таблицах

db_query("DELETE FROM {cache_form} WHERE created <=".$time.""); // Чистим кеш форм
db_query("DELETE FROM {accesslog} WHERE timestamp <=".$time.""); // Чистим лог доступа к сайту
db_query("DELETE FROM {sessions} WHERE timestamp <=".$time.""); // Чистим сессии пользователей
db_query("DELETE FROM {captcha_sessions} WHERE timestamp <=".$time.""); //чистим сессии каптчи

/* END Код */
?>