Как улучшить сайт для начала:
Переведите сайт в HTML5, сделайте современную разметку сайта, добавьте микроданные.
http://validator.w3.org/check?uri=http%3A%...=Inline&group=0 - избавьтесь от ошибок в верстке.
Проанализируйте через PageSpeed, улучшите скорость загрузки страницы.
_________________________
А то, что Вы сейчас пытаетесь сделать - пустая трата времени. Сделать можно только разобравшись с движком.
_________________________
Всё, что было - обычный подбор пароля по FTP, или у Вас, или у Хостера. Может вирус у Вас на компе стянул пароли. Заливается подобное роботами дефолтно, очень часто уязвимости на стороне хостера образуются и заражается вся группа сайтов одновременно.
Защищать от этого надо через ограничения доступа по SSH + FTP по ip и подобного не повторится.
На всякий случай посмотрите дату редактирования файла, когда был залит вирус. В этот день стоит посмотреть логи (если ещё сохранились), возможно кто-то взломал иначе, но в 95% дело роботов по FTP и всё.
_____________
Обучаю веб-программированию качественно и не дорого:
http://school-php.comФрилансер, принимаю заказы: PHP, JS, AS (видео-чаты). Писать в ЛС (Личные сообщения на phpforum).