я же писал.

$mr= array_filter ($mr); // Удаляем пустые значения, если они есть конечно

P.S. Даже это не нужно, функции все равно на пустые значения, ана удаляет совпадения из первого массива.

$array_dir = array('w','e','d');
$array_db = array('','w','ww','d');
$delete = array_diff ($array_dir,$array_db);

print_r($delete);

Результат : Array ( [1] => e )

Сделал контрольную проверку:

$result = mysql_query ("SELECT foto_mini1,foto_mini2,foto_mini3,foto_mini4,foto_mini5,foto_mini6,foto_big1,foto_big2,
foto_big3,foto_big4,foto_big5,foto_big6 FROM doska",$db);
$myrow = mysql_fetch_assoc ($result);

$dh  = opendir('podaty_obyavlenie/foto/'); // Открыть папку
while (false !== ($filename = readdir($dh))) {
	// собрать все файлы
	if ( $filename != "." && $filename != ".."){
		$file_dir[] = "foto/". $filename;
	}
}
closedir($dh);

while ($myrow = mysql_fetch_assoc($result)) {
    for ($i=1;$i < 7;$i++ ) {
        $mr[] =$myrow['foto_mini'.$i];
        $mr[] = $myrow['foto_big'.$i];
    }
}
$mr = array_filter ($mr); // Удаляем пустые значения, если они есть конечно

// Расхождение массивов
$raznica = array_diff($file_dir, $mr); // сравниваем массивы	
if (is_array($raznica)) // если файл является массивом 
{
print_r($raznica);

}

Результат выдал:

Array ( [0] => foto/0.11298200 1332744739.jpg [1] => foto/0.98137800 1373571971.jpg [2] =>
....
[495252] => foto/0.43757700 1383434063.jpg [495254] => foto/0.78917900 1329358425.jpg )

Т.е. удалились бы все файлы!!! Блин, что ещё не так???