Реализация обязательно будет зависеть от задачи, и это единственный критерий при реализации логики метода. Логично или нет пользователя не будет волновать т.к.

var_dump(isset($foo->bar));//true or false

не зависимо от реализации

__isset($name) {return isset($this->data[$name]);}

или

__isset($name) {return array_key_exists($name, $this->data)}

Invis1ble, класс в примере

class Container {
    protected $_data = [];
    public function __isset($name) {
        return isset($this->_data[$name]);
    }
    // сеттер, геттер и пр.
}

$container = new Container;
var_dump(isset($container->foo));

в геттере вы ведь не собираетесь обращаться к несуществующим элементам $_data. Скорее всего, будет брошено исключение или вернете null (опять же в зависимости от требований). Тогда следующий код будет логичным вне зависимости от деталей реализации:

if (isset($container->foo)) {

   // что-то делаем с $container->foo
}