Не проверял, сразу на форуме поправил. Вместо in_array, лучше при проверке, в случае успеха, сразу знать ключ, который удалять.

$file = file('baza.txt');

$key = array_search('4444', $file);
if($key === false ){
     echo 'Неа..';
}else{
     unset($file[$key]);
     file_put_contents("baza.txt", implode("", $file)); 
}

Я предлагаю ТС не задавать больше глупых вопросов по поводу изобретения велосипеда, а почитать про работу с БД и сделать всё в БД. Там всё из запрошенного делается легко и просто.

_____________
* Хэлп по PHP
* Описалово по JavaScript
* Хэлп и СУБД для PostgreSQL

* Обучаю PHP, JS, вёрстке. Интерактивно и качественно. За разумные деньги.

* "накапливаю умение телепатии" (С) и "гуглю за ваш счет" (С)

Не проверял, сразу на форуме поправил. Вместо in_array, лучше при проверке, в случае успеха, сразу знать ключ, который удалять.

$file = file('baza.txt');

$key = array_search('4444', $file);
if($key === false ){
     echo 'Неа..';
}else{
     unset($file[$key]);
     file_put_contents("baza.txt", implode("", $file)); 
}