Ну как сказать. Глобальные переменные много где разрешены, неоправданное их использование всегда было свидетельством кривизны рук скорее, чем проблемой языка. Отсутствие типов данных - одновременно и плюс, и минус. Это я тоже не отношу.

Вот ради вас только пошел по своей же ссылке за цитатой (из статьи на хабре). Надо сказать, что это не 2008 год, а всего лишь годичной давности:

Вот я выделил несколько пунктов жирным в цитате. На самом деле, даже невыделенные пункты имеют место быть в некоторой мере.

Например, из 3х выделенных можно назвать такие проблемы:

Кому-то это покажется ерундой, но совместное существование таких функций, как str_replace и strcmp само по себе - ошибка дизайна. Можно привыкнуть, да. Но минусом это не перестанет быть. Сделают создатели с этим что-то или нет - точно не в ближайших версиях.

Утечки памяти в больших скриптах из-за слабого сборщика мусора. Можно, конечно, лепить повсюду unset'ы, и делать прочие попытки уменьшить утечки, но 100% это проблему не решает. В итоге остается отказаться от использования долгоиграющих скриптов, и использовать какой-то подход, подразумевающий более частый запуск, но не столько длительных скриптов, либо вообще отказаться от услуг php в этом аспекте.

Ну, тут все просто. Удобных средств для отладки я не видел, xdebug вовсе не относится к ним. Может какие-то ide позволяют качественный debugging настроить (не по файлу, а именно по мере выполнения обработки запроса - тобишь со встроенным процессором php), но мне об этом не известно

В целом начиная с 5.0 пхп прошел уже немалый путь в нужном направлении. Но так же проблемы пока есть. добавили GC альтернативный в 5.3 что ли - уже неплохой шаг. Плюс еще немало изменений. Но немало еще недостатков осталось. Через несколько лет, может быть, это все еще кардинально изменится.