// до:
$_SESSION['basket'][$id] = $count;
// после:
$_SESSION["basket"][$id]["count"] = $count; 

заменил, теперь вроде нет косяков?
Но как мне вывести теперь эти пост данные колличество через echo?

session_start();


if (!isset($_SESSION['basket'])) {
	$_SESSION['basket'] = array();
}


if(isset($_GET['id']) && mysql_result(mysql_query("SELECT COUNT(*) FROM `tovar` WHERE `id`='".intval($_GET['id'])."'"), 0) == 1) {
	$id = intval($_GET['id']);
	$count = isset($_POST['count'])? intval($_POST['count']) : 1; // если юзер выбрал количество - записываем, иначе - количество = 1
$_SESSION["basket"][$id]["count"] = $count; 
$_SESSION["basket"][$id]["size"]  = $size;
$_SESSION["basket"][$id]["color"] = $color;
	
}
$listIds = array_keys($_SESSION['basket']); // получаем массив ключей (т.е. айдишников товаров)

if (count($listIds) > 0) {
	$sql = "SELECT * FROM `tovar` WHERE `id` IN (".implode(',', $listIds).")";
	$result=mysql_query($sql);	
	while($res = mysql_fetch_assoc($result)) {
		$price_all = $res['price'] * $_SESSION["basket"][$id]["count"] = $count; // второй параметр - ранее записанное количество товара
		echo "</br></br><h1>".$res['price']."</h1>";
		echo "Полная цена (цена на количество): {$price_all}";
	}
} else {
	echo 'Товаров в корзине нет';
}