setInterval подумай почему не нужно использовать в данном примере
и разницу ты описал сам между timeout и interval

во вторых дам подсказку, используй $_SESSION для хранения текущего количества. и отправляй если изменилось

Черт, где же его хранить? в обработчике или в out_today.php?

там где проверяешь количество для уведомления

запутался.
Как я понял из изначально предложеного мне варианта $_SESSION заменяет

$count = mysql_num_rows ( mysql_query ("SELECT * FROM zakazy WHERE `na_kogda` = CURDATE()"));
echo '<input type="text" id="order" value="'.$count.'">';

я так понимаю это наша "память"

а JS обрабатывает все это дело вот так

function func() {
//начинаем функцию
    val = "getCount";
//колличество заказов полученых из обработчика
    count_start = document.getElementById("order").value;
//колличество заказов которое мы получили при загрузке страницы. Аналог $_SESSION
    ajax = (window.XMLHttpRequest) ? new XMLHttpRequest() : new ActiveXObject("Microsoft.XMLHTTP");
//не знаю
    ajax.open("POST", "count.php", true);
//
    ajax.setRequestHeader("Content-Type", "application/x-www-form-urlencoded");
//не знаю
    ajax.onreadystatechange = function()
    {
        if(ajax.readyState == 4 && ajax.status == 200)
        {
            if(ajax.responseText != count_start) 
                alert("Количество заказов изменилось");
//Если число заказов полученых из обработчика не равно count_start (колл. заказов в "памяти")  -- прокричать что "колличество изменилось".
setInterval("func()", 1000);
        }
    }
    ajax.send(val);
//не знаю
}