$src = "/home/e/ext/site1.ru/public_html/content"; // source folder or file
$dest = "/home/e/ext/site2.ru/public_html/"; // destination folder or file
shell_exec("cp -r $src $dest");
вот этот код копирует содержимое одной папки в другую тут все ок.
но в site2.ru добавляются новые файлы а старые при этом остаются
как сделать что перед копированием очистить папку
/home/e/ext/site2.ru/public_html/content