При заходе на сайт/страницу через браузер, с помощью session_start() создается сессия и далее все данные записываются в нее и хранятся в 1 файле в течении 3 суток.
Но когда заходит робот яндекса/гугла, или производится сканирование сайта, то для каждого запроса создается отдельная сессия с отдельным файлом. В результате чего образуются миллионы файлов сессий.
По идее если сократить время жизни сессий, то это уменьшит количество файлов, но делать это нельзя т.к. снизит удобство сайта.
Что можно сделать в данном случае, чтобы сократить количество файлов сессий?
Может как-то принудительно указывать id сессии, чтобы все запросы робота обращались к 1му файлу сессии?

Разные костыли есть.
В общем случае смотрят user-agent, если это бот (или вообще пустой) -- либо не стартуют сессию, если это возможно, либо устанавливают один идентификатор сессии для всех (session_id()). Списки user-agent'ов ботов легко находятся, например, https://github.com/monperrus/crawler-user-agents

_____________
Чатик в телеге

уменьшить время хранения сессии с 3х суток до получаса, максимум 2х часов. нельзя хрянить session так долго. не для этого создан этот механизм.