Вообщем, есть код, который постепенно выводит то, что говорит консоль:

<?php
$a = popen('java -jar Spigot.jar', 'r');
while($b = fgets($a, 2048)) { 
echo iconv('CP866','UTF-8',$b."<br>\n"); 
ob_flush();flush(); 
}
pclose($a); 
?>

(как понимаете, игровой сервак).
Страница выводит сообщения, появляющиеся в консоли, но предположим, мне нужно отправить в эту же консоль команду, например stop. как я могу это реализовать?

Blacklosh, задача относительно сложная, не для PHP джуна уж точно. В таком варианте, как ты предлагаешь, - никак. Ее следует решать через COMET (WebSocket), причем значительно проще реализовать на Node.js.

PHP тоже можно, но боюсь мультиплексирования потоковых дескрипторов не избежать (блокирующий ЯП, ничего не поделаешь). Сие вызовет массу проблем при использовании готовых библиотек. Либо мы попадаем на реализацию протокола взаимодействия. Стоит учесть, что работа с веб сокетами имеет мало общего с процессом создания "обычных" стайтов на PHP.