Кодировка на Денвере и хостинге установлена в UTF-8 через .htaccess
Вот код в php-файле в кодировке UTF-8

<?php
	$description = 'Новая статья в блоге издательства поможет Вам сэкономить время и деньги.';
	$s = trim( str_replace( ".", "",  $description) );
	$s = mb_convert_encoding( $s,"Windows-1251","UTF-8");
	
	$s = str_replace( " ", ", ",  $s );
	//echo mb_convert_encoding( $s,"UTF-8", "Windows-1251").'<br>';
	$s =preg_replace("#\b(\S{1,4})\b,#", "", $s );
	$keys = mb_convert_encoding( $s, "UTF-8", "Windows-1251");
	
	echo $keys.'<br>';
?>

На Денвере выдаёт правильно:

Новая, статья, блоге, издательства, поможет, сэкономить, время, деньги

На хостинге неправильно:
Новая, статья, в, блоге, издательства, поможет, Вам, сэкономить, время, и, деньги

Что может быть не так? Какие настройки смотреть?

вместо str_replace() в юникоде используй http://php.net/manual/ru/function.strtr.php
для регулярок модификатор u

_____________
HTML, CSS (Bootstrap), JS(JQuery, ExtJS), PHP, MySQL, MSSql, Posgres, (TSql, BI OLAP, MDX), Mongo, Git, SVN, CodeIgnater, Symfony, Yii 2, JiRA, Redmine, Bitbucket, Composer, Rabbit MQ, Amazon (SQS, S3, Transcribe), Docker