Есть вот это.

preg_match("#(?:/|2f|^|\\\\|5c)(?:(?:%0*(25)*2e)|\\.){2,}(?:/|%0*(25)*2f|\\\\|%0*(25)*5c|$)#i", $uri)

pagen1/

Нужно вместо этого сделать
?pagen1

Задачу если сформулировать конкретней, помочь будет проще)
Я в смысле того, что должно делать результирующее выражение)