К примеру имеем запрос:

SELECT s1, s2, s3, s4, s5 FROM site_table WHERE s1 = 1 AND s2 like 'text%' ORDER by s3 desc, s4 desc LIMIT 1000, 30;

Как узнать сколько времени затрачено на выборку по s1 потом по s2 потом сколько времени затрачено на сартировку по s3 и сартировку по s4.

Никак.Да и незачем.
Даже Postgresql не дает такой детализации в плане выполнения запроса.
В Mysql можно некоторую информацию подчерпнуть из SHOW PROFILE чего более чем достаточно.

_____________
Mysql, Postgresql, Redis, Memcached, Unit Testing, CI, Kohana, Yii, Phalcon, Zend Framework, Joomla, Open Cart, Ymaps, VK Api