На сервере есть директория my-files, в которой находятся РНР файлы, необходимые для работы системы. И кроме них два файла JS.

РНР файлы вызываются либо самими РНР скриптами, либо JS, ссылки на которые стоят в коде страницы.

Похоже, что роботы-качалки со ссылок кода страницы и через JS нашли некоторые из РНР файлов и запускают их с большой интенсивностью (20 раз в секунду).

Можно ли закрыть все РНР файлы в папке my-files от доступа со стороны клиента?

(Но закрыть именно именно файлы РНР, а доступ к JS оставить).

Во-первых, если эти твои "некоторые ПХП файлы" не возвращают никакого HTML, то это тебе ничем не грозит.
А во-вторых, их лучше вообще расположить так, чтобы они не были доступны из интернета.
И в-третьих, лучше файлы ПХП и JS вообще всегда располагать в разных каталогах.

Да, закрыть их можно для внешнего доступа. Но только лучше все-таки сделать так, чтобы они были вообще недоступны.

_____________
* Хэлп по PHP
* Описалово по JavaScript
* Хэлп и СУБД для PostgreSQL

* Обучаю PHP, JS, вёрстке. Интерактивно и качественно. За разумные деньги.

* "накапливаю умение телепатии" (С) и "гуглю за ваш счет" (С)

Например, РНР файл вызывается так:

// JavaScript Document
$(document).ready(function() {
$('#top_design').load('/my-files/top_design_index_2.php?id_rubric='+id_rubric);

});

PHP файлы , которые у тебя дергают должны вызываться отдельно или они инклудами в другие файлы идут ?

С инклудами я справился.

Дёргаются те, которые в примере выше Вашего поста.