Здравствуйте, пол дня потратил, в инете ничего не нашел. Итак, ближе к делу.
1. У пользователя есть возможность прикрепить файл
2. Этот файл в дальнейшем сохраняется на файловую систему сервера с правами:
а) - система\полный доступ
б) - локальные админы\полный доступ
Загружал на сервер файл, следующим образом:

$uploaddir = "здесь моя директория...";
$temp = $_FILES['userfile']['name'];
$rus=array('А','Б','В','Г','Д','Е','Ё','Ж','З','И','Й','К','Л','М','Н','О','П','Р','С','Т','У','Ф','Х','Ц','Ч','Ш','Щ','Ъ','Ы','Ь','Э','Ю','Я','а','б','в','г','д','е','ё','ж','з','и','й','к','л','м','н','о','п','р','с','т','у','ф','х','ц','ч','ш','щ','ъ','ы','ь','э','ю','я',' ');
$lat=array('a','b','v','g','d','e','e','gh','z','i','y','k','l','m','n','o','p','r','s','t','u','f','h','c','ch','sh','sch','y','y','y','e','yu','ya','a','b','v','g','d','e','e','gh','z','i','y','k','l','m','n','o','p','r','s','t','u','f','h','c','ch','sh','sch','y','y','y','e','yu','ya',' ');
$temp = str_replace($rus, $lat, $temp);
$newfile = $_POST["arid"] . "_" . $temp;
$uploadfile = $uploaddir . $newfile;
move_uploaded_file($_FILES['userfile']['tmp_name'], $uploadfile);

С помощью всемогущего интернета, пробовал создать файл с помощью fopen, очень обрадовался когда файл создавался с правами, которые мне подходят, а именно добавились права для "Пользователи".
Думал, что если я буду перезаписывать, то права не затрутся, но я ошибся :(

$uploaddir = "здесь моя директория...";
$temp = $_FILES['userfile']['name'];
$rus=array('А','Б','В','Г','Д','Е','Ё','Ж','З','И','Й','К','Л','М','Н','О','П','Р','С','Т','У','Ф','Х','Ц','Ч','Ш','Щ','Ъ','Ы','Ь','Э','Ю','Я','а','б','в','г','д','е','ё','ж','з','и','й','к','л','м','н','о','п','р','с','т','у','ф','х','ц','ч','ш','щ','ъ','ы','ь','э','ю','я',' ');
$lat=array('a','b','v','g','d','e','e','gh','z','i','y','k','l','m','n','o','p','r','s','t','u','f','h','c','ch','sh','sch','y','y','y','e','yu','ya','a','b','v','g','d','e','e','gh','z','i','y','k','l','m','n','o','p','r','s','t','u','f','h','c','ch','sh','sch','y','y','y','e','yu','ya',' ');
$temp = str_replace($rus, $lat, $temp);
$newfile = $_POST["arid"] . "_" . $temp;
$uploadfile = $uploaddir . $newfile;

$fp = fopen($uploadfile, "w+");
fwrite($fp, 'hello,it`s my test');
fclose($fp);
move_uploaded_file($_FILES['userfile']['tmp_name'], $uploadfile);