есть скрипит 3000 строк

такого вида:

if (...)
{
}
elseif (...)
{
}
elseif (...)
{
}
elseif (...)
{
}
elseif (...)
{
}

Что лучше, разбить на разные файлы, или оставить одним большим?

зависит от того, что в этих условиях происходит. Т.к 3000 строк такого количества проверок не есть гуд совсем, подобный код надо приводить к более простому виду и сократить его до минимума. Представь сколько времени понадобится, чтобы прочесать все условия до последнего?

всего 8 условий