Проблема в том, что сайт писался для корневого каталога, а будет размещаться в папке. то есть корневой папкой будет скажем : http://main.ru/papka/

Как правильно настроить этот файл.

RewriteEngine On
php_flag display_errors On
AddDefaultCharset UTF-8
php_flag magic_quotes_gpc Off
php_flag magic_quotes_runtime Off
ErrorDocument 404 http://main.ru/papka/404/

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

RewriteRule ^([A-z0-9]+)/([0-9]+)/$ $1.php?id=$2 [L]
RewriteRule ^([A-z0-9]+)/([[A-z0-9]+)/$ $1.php?name=$2 [L]
RewriteRule ^([A-z0-9]+)/([0-9]+)/$ $1.php?id=$2 [L]
RewriteRule ^(.+)?/$ $1.php [L]

с этим разобрался.