На странице имеется код:

 echo '
<script type="text/javascript">var id_rubric='  .$id_rubric . ';</script>
<script type="text/javascript" src="/my-js/metka.js"></script>; 

В файле metka.js такая запись:

$(document).ready(function() {
$('#v_design').load('/my-files/metka-v.php?id_rubric='+id_rubric);
}); 

А в файле metka-v.php стоит код:

    $id_rubric = $_GET['id_rubric'];
    echo "id_rubric $id_rubric"; 

При этом наблюдается такое странное явление - во всех браузерах значение $id_rubric выводится нормально, а при использовании браузера Яндекс оно отсутствует.

Как это можно исправить?

тут такое дело Владимир.

браузер и php - это как америка и Россия.

тут дело в JS - смотрите в консоль

как вообще шапка сайта в коде полностью выглядит?

_____________
HTML, CSS (Bootstrap), JS(JQuery, ExtJS), PHP, MySQL, MSSql, Posgres, (TSql, BI OLAP, MDX), Mongo, Git, SVN, CodeIgnater, Symfony, Yii 2, JiRA, Redmine, Bitbucket, Composer, Rabbit MQ, Amazon (SQS, S3, Transcribe), Docker