Второй массив сортируется с оглядкой на первый? А если будет третий?
Пример #2 Сортировка многомерного массива
$ar = array(
array("10", 11, 100, 100, "a"),
array( 1, 2, "2", 3, 1)
);
array_multisort($ar[0], SORT_ASC, SORT_STRING,
$ar[1], SORT_NUMERIC, SORT_DESC);
var_dump($ar);