Извиняюсь за кривую формулировку, но как это более понятно назвать не придумал ((

Поясню на примере:

В начале aвтозагрузчик ищет файл в папке приложения - application, потом в модулях - modules/a, modules/b, и наконец в ядре - core.

Допустим есть класс core/Foo который используется в классах core/Bar, application/Moo, чтобы переопределить его в приложении или модулях используются классы "пустышки":

// core/Base/Foo.php:
abstract class Base_Foo
{
    public function blabla()
    {
         echo 'core!';
     }
}
// core/Foo.php:
class Foo extends Base_Foo
{
   // Пустышка (
}
// application/Foo.php:
class Foo extends Base_Foo
{
    public function blabla()
    {
         echo 'application!';
     }
}

В этом случае вместо core/Foo.php загружается измененный application/Foo.php и т.к. имя класса не меняется, то не нужно изменять и core/Bar, application/Moo.

Вопрос: можно ли сделать что-то подобное без лишних классов - пустышек?

неверно вы проектируете.
Нужно использовать неймспейсы, зависимость делать от интерфейсов, а не разные версии одного и того же по разным папкам пихать.
Вот подробнее про все эти "DI" штуки:
http://habrahabr.ru/post/183658/

_____________
There never was a struggle in the soul of a good man that was not hard

@Michael namespace здесь не поможет, если уверены что ваш вариант возможен, то переделайте пожалуйста мой пример в первом посте чтобы было понятнее

P.S. про трейты я погорячился, class_alias() тоже не годится(