Я считаю лучше сформировать временную таблицу, и записать данные сначала туда.
Потом обновить одну таблицу по другой через JOIN. Записывать во временную таблицу очень желательно "пакетами" по 100 строк, скажем.
Пример пакета:
INSERT INTO tempprice
(example_id, name, value, other_value)
VALUES
(100, 'Name 1', 'Value 1', 'Other 1'),
(101, 'Name 2', 'Value 2', 'Other 2'),
(102, 'Name 3', 'Value 3', 'Other 3'),
(103, 'Name 4', 'Value 4', 'Other 4');
А вот запрос обновления (пример):
UPDATE product AS temp1
INNER JOIN
tempprice AS temp2
ON
temp1.product_partnumber = temp2.tempprice_partnumber
SET
temp1.product_price = temp2.tempprice_price;