Запускается ли Denwer, когда включаешь компьютер?
И отключается ли он, когда выключаешь компьютер, или надо нажать на ярлык "Stop Denwer"?

Зависит от выбора опций при установки Денвера. Имхо, лучше запускать его в ручную и останавливать вручную, чтобы точно знать, что он работает только тогда, когда надо. Зачем его запускать автоматом со стартом винды, если для многого он не нужен? Лишнее приложение не должно просто так отбирать ресурсы компа. Но у каждого свои цели и привычки.