Собственно суть в том что есть условие такого типа:

goto_unless (intF[1089] == 1) @47

Прим. Если это условие ложно то переходим на флаг 47(switch)

И его нужно преобразовать в понятный для php код условия:

if($intF[1089] != 1){/*Тут прыжок*/}

Тут все довольно просто решается регулярным выражением, но условия бывают самыми разнообразными:

goto_unless (intF[1089] == 1 || !intF[8] && intG[0] != 1) @47

Прим. !intF[8] - означает что переменная будет равна "none"

И как тут поступить я смутно соображаю... Попробовать с помощью explode превратить выражение в скобках в массив, а потом с помощью рег.выражений считывать его?
Или есть способ попроще?

Если я правильно понял...

По сути всё что внутри скобок в примерах php подобно
используй регулярку не на распарсивание того что внутри, а просто получи скобки целиком.
И тут не надо explode, тут надо preg_macth лучше использовать или str_replace'ом удалить лишнее.

Потом как-то с помощью $$var или ещё как-то заставить работать как условие.