www.site.ru/dir/index.php/chto-to перенаправлять на www.site.ru/dir/
Решил ее средствами php с помощью header();
Но для верности, хотел бы убедится что не пожалею об этом, так как знаю что редиректы могут принести кучу проблем для сайта.
$pos = strpos($_SERVER['REQUEST_URI'], "index.php");
if ($pos === false) {
} else {
$len = strlen($_SERVER['REQUEST_URI']);
$red = substr($_SERVER['REQUEST_URI'], 0, $pos - $len);
header("Location: http://www.site.ru$red");
exit();
}