Сейчас из контроллера (kohana framework) когда хочешь по ctrl+клик вызвать ф-ии из модели он пишет cannot find declaration to go to. Как можно это исправить ?

С kohana не работал, по этому не знаю как инстанцируются модели. Если какие-то фабрики, то

/** @var \My\Model $model */
$model = $modelFactory->create($data);

Или может просто нужные файлы не подключены к проекту