Когда я убрал расширение через .htaccess, столкнулся с такой проблемой:
Адрес без расширения работает только если названия файла не совпадает с названием папки, а сайт у меня имеет несколько ступеней, поэтому почти для каждой страницы есть папка с другими страницами.

Если кто не понял:
Есть файл page.php, файл page2.php и папка page2
Если мы введем в адресной строке:
www.site.ru/page
то откроется страница page.php
если
www.site.ru/page2
то откроется уже папка page2

Можно как-то сделать, чтобы когда вводишь page2 открывался документ, а папка только когда page2/


P.S.
Хоть я догадываюсь насчет ответа, но мало ли.

Это сработает только если не будешь папки и файлы называть одинаково...
Или для page2 используй папку в которой index.php лежит. Тогда он будет по дефолту для ссылки типа page2 открывать (если я правильно понимаю). А более глубокая вложенность поможет открыть подраздел. Хотя опять таки, не известно, чего ты и как убрал расширение из запроса...

А вообще лучше юзай mod_rewrite и обрабатывай запрос в одной точке входа.
Ну или усложняй правила в .htaccess для получения нужного результата.

Может пригодится

_____________
Вязание xe4.ru спицами.
Сайт для тестов (подопытный №543)