Привет, в течение 3 дней какая та не понятная нагрузка на сервер.
В Putty top отсортировал загрузку по cpu (ctrl+m) и не каких процессов нагружающий сервер не заметил.
Нагрузка 50% - mysql потребляем 3% вместе с httpd.
Сервер не доссят это видно по логам, но что то происходит - что то то что жрет значительно cpu - тем самым тормозит работоспособность системы.
Подскажите пожалуйста как узнать что жрет все таки cpu?

Если не заметили процессов, кушающих проц, то с чего решили, что нагрузка именно из-за процессора? Нагрузка - это load average? Если так, то фактором может быть очень много. Может просто памяти не хватает и всё через своп работает, может ещё что упёрлось в винт... А может вас похакали и заменили системные утилиты своими, чтобы не видели реального положения дел (паранойя, но бывает и так).
Лучше всего будет не пожалеть пары сотен баксов и нанять специалиста для изучения ситуации.