Упрощу ситуацию и перефразирую.
Имеется файл index.php, с каким-то стилизованным содержимым. В теге head подключены стили и js. Пути начинаются с имени папки. Например "folder/folder/file.css". Навигация по будущему сайту осуществляется с помощью "роутинга". Т.е. все запросы
перенаправляются на index.php, там парсится url и происходит нужное действие. Перенаправление осуществляется с помощью htaccess. Его содержимое:
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?url=$1 [L,QSA]
Первая проблема заключается в том, что после того, как отрабатывают эти директивы файлы стилей и js не подключаются. Необходимо править пути. С того, что было на "/folder/folder/file.css". Т.е. ставить впереди слеш. Но после подстановки этого слеша возникает следующий конфликт. Эти файлы не подключаются после того как доступ к родительской папке перекрывается с помощью deny from all htaccess'а.
Пока писал понял, что сам себя запутал. Мне это нужно было для директории с php. А при инклюде php всегда используется путь от корневой директории сервера, т.е. доступ осуществляется не через http и все работает (при помещении туда htaccess с deny from all).
Тем не менее, просто из любопытства. Есть ли выход из описанной выше ситуации. Если бы мне было нужно запретит доступ к директории с js?