Стандартно сообщения (т.е. папка messages) лежит в application и используется при валидации напр. как тут:

/application/messages/forms/user.php

    catch (ORM_Validation_Exception $e)
    {
        // Loads messages from forms/user.php
        $errors = $e->errors('forms');

        // See the custom error messages
        echo Debug::vars($errors);
    )

А как переопределить это к модулям, т.е. если я создам в модуле папку messages, а в ней forms, то ничего из этого не выйдет. Как быть?

а не, все работает! Просто модель forms/user.php надо создавать, а у меня forms/users.php было.