$filename = ADMIN_SHABLON_DIR.'/set.ini';
$file = file_get_contents($filename);
$file = str_replace('Я', 'bar', $file);
file_put_contents($filename, $file);

 $text = 'Но если я напишу в строке несколько букв "я", то все равно заменится одна а не все, как сделать что бы все заменились?
И как сделать что бы заменялось в определенной строке, где есть параметр "title" или другой?
Я говорю про конфигурацию, и надо заменить например где title = true, заменить на false.';

 
 echo preg_replace("#(я)#iu", "-", $text);

title = true
text = true

preg_replace("#text = (true)#isU", "text = false", $text);

$setting = parse_ini_file(ADMIN_SHABLON_DIR.'/set.ini');
$file = file_get_contents(ADMIN_SHABLON_DIR.'/set.ini');
$file_load = fopen(ADMIN_SHABLON_DIR.'/set.ini','w');
fwrite($file_load, str_replace($setting['text'], "Новое значение", $file));
fclose($file_load);