Файл формируется с добавлением новой информации следующим образом:

file_put_contents($filename, $kod, FILE_APPEND | LOCK_EX);    // Добавляем записи в создаваемый файл  

В переменной $kod присутствуют коды табуляции, которые вполне успешно заносятся в этот файл наряду с кодами других знаков. А вот если табуляция оказывается последней, то в файле её нет!

Каким образом можно устранить этот дефект?

Это довольно странно, можно пример содержимого $kod? Может это обрезает то, чем вы файл просматриваете?

Похоже, что проблема разрешилась. file_put_contents работает нормально.