nugle, большое количество файлов в одной папке грубо говоря плохо.
Но и заставлять пользователя самому клепать папки, тоже не дело. Все должно иметь границы дозволенного. Да и создавая для пользователя "типа папку", не факт, что она будет на диске физически.
Хранение большого количества файлов - это старая проблема и универсальных решений практически нет, тут нужен глубокий анализ самой логики сайта. Ну а что бы было что анализировать, нужно чтобы хоть что-то было

За основу можно взять алгоритм любой галлереи который покажется оптимальным, благо в инете их полно.
_____________
Стимулятор ~yoomoney - 41001303250491