SELECT `projects`.*, (SELECT COUNT(`elements`.`id`) FROM `elements` WHERE `elements`.`set_id`=`proj_sets`.`set_id`) AS `els`
		FROM `projects` JOIN `proj_sets` ON `proj_sets`.`pr_id`=`projects`.`id` ORDER BY `'.$sort.'` '.$dir;

есть такой запрос,необходимо иметь возможность сортировки по всем данным, он работает(т.е. сортирует) но выборка не полная т.к. существуют проекты из таблицы projects, которым нет соответствия в таблице proj_sets, что приводит к неполным результатам, надо чтобы такие проекты (без соответствия) получали значение els=0.

закрывайте

SELECT `projects`.*, COUNT(`elements`.`id`)  AS `els`
FROM `projects` 
LEFT JOIN `proj_sets` ON `proj_sets`.`pr_id`=`projects`.`id` 
LEFT JOIN  `elements`  ON `elements`.`set_id`=`proj_sets`.`set_id`
GROUP BY `id`
ORDER BY `els` DESC;