Здравствуйте.
Берём простой случай. Требования к сайту:
- динамическая генерация страниц
- блок новостей
То есть по идее должны быть две CRUD модели. Понятно, что редактирование, обновление и удаление доступно админу, чтение - всем пользователям.
Вопросы в следующем:
1) как правильно организовать модели и контроллеры?
2) как взаимодействовать с базой?

Все запросы будут отправляться файлу index.php, в нём создаваться экземпляр класса Route, в котором вызывается метод start

static function start($mRequestUri)
        {
            // контроллер и действие по умолчанию
            $controller_name = 'Page';
            $action_name = 'index';           
            
            $routes = explode('/', $mRequestUri);
    
            // получаем имя контроллера
            if ( !empty($routes[1]) )
            {	
                $controller_name = $routes[1];
            }
            
            // получаем имя экшена
            if ( !empty($routes[2]) )
            {
                $action_name = $routes[2];
            }
    
            // добавляем префиксы
            $model_name = 'Model_'.$controller_name;
            $controller_name = 'Controller_'.$controller_name;
            $action_name = 'action_'.$action_name;
    
            // подцепляем файл с классом модели (файла модели может и не быть)
    
            $model_file = strtolower($model_name).'.php';
            $model_path = "application/models/".$model_file;
            if(file_exists($model_path))
            {
                include "application/models/".$model_file;
            }
    
            // подцепляем файл с классом контроллера
            $controller_file = strtolower($controller_name).'.php';
            $controller_path = "application/controllers/".$controller_file;
            if(file_exists($controller_path))
            {
                include "application/controllers/".$controller_file;
            }
            else
            {
                /*
                правильно было бы кинуть здесь исключение,
                но для упрощения сразу сделаем редирект на страницу 404
                */
                Route::ErrorPage404();
            }
            
            // создаем контроллер
            $controller = new $controller_name;
            $action = $action_name;
            
            if(method_exists($controller, $action))
            {
                // вызываем действие контроллера
                $controller->$action();
            }
            else
            {
                // здесь также разумнее было бы кинуть исключение
                Route::ErrorPage404();
            }
        
        }

Контроллер страницы вероятно должен выглядеть следующим образом

class Controller_Page extends Controller {
        
        function __construct()
    	{
    		$this->model = new Model_Page();
    		$this->view = new View();
    	}
        
        function action_index()
    	{
    		$data = $this->model->get_data();		
    		$this->view->generate('index_view.php', 'template_view.php', $data);
    	}
        
    }

Класс Модели

     class Model
    {
        public function get_data()
        {
        }
    }

Для упрощения модель страницы описал так

<?php
    class Model_Page extends Model {
        function get_data() {
            $mysqli = new mysqli('localhost', 'root', 'pass', 'dbname');
            $result = $mysqli->query("SELECT * FROM ru_pages WHERE id=1");
            $row = $result->fetch_object();
            return array ('title' => $row->title);
            $result->close();
        }
    }

Еще раз вопросы:
как правильно организовать модель и контроллер?
как вытащить обращение к базе в отдельный класс?