Как можно при помощи checked сформулировать sql запрос что бы можно было бы удалять данные из MySQL? Каждый товар имеет свой уникальный $id.

Если под checked подразумевается элемент формы то просто принимай его $_POST['name'] и по нему удаляй. Ну а соответственно в name записывай id элемента.

В форме флажки надо именовать по шаблону name="somename[$id]"
в $_POST['somename'] при сабмите будет массив с id-шками выбранных эл-тов.
SQL формировать по шаблону:

DELETE FROM `table` WHERE id IN (x1,x2,x3)

, где список сформируешь используя implode.

_____________
There never was a struggle in the soul of a good man that was not hard

DELETE FROM `table` WHERE id IN (x1,x2,x3)

Ну ты код покажи. Как что делаешь